冻干本质上是"传热与传质同时进行"的过程，而传热往往是速率瓶颈。热量从能源抵达升华界面，要穿越多道热阻，任何一环薄弱都会让整批工艺放慢。
搁板直接传导是*主要的路径，尤其对瓶装制剂。热量经搁板、瓶底接触、瓶壁传至产品，其中瓶底与搁板的接触热阻常是*大的一项，受瓶底平整度、是否加托盘、是否压紧影响。若忽略这一点，会出现搁板温度正常、产品却迟迟不干燥的"假性异常"。搁板控温精度（常用 ±1 ℃）与同板面均温性直接决定批次一致性。
辐射传热主要作用于物料暴露表面，在托盘装或散装物料中占比上升。其优势是不依赖接触，缺点是与周围壁面温度耦合，腔体壁温不均会引起辐照不均。在压力较低时对流几乎可忽略，而在 10~100 Pa 的气体导热区内，稀薄气体仍贡献可观的热传递。
加热方式的选择还面临效率与**的权衡。传统搁板加热控温平稳、对热敏蛋白友好；微波与射频辅助加热则能直接作用于物料内部的水分子，绕过干燥层的热阻，显著加速二次干燥（解吸干燥）阶段。诱人之处是效率，风险在于局部过热、辉光放电与场分布不均，对配方与装量的适应性更窄，目前多用于食品与特定材料，制药领域仍以搁板加热为主。
工程上的通用原则是：先确保产品温度不越共熔点与崩解温度，再把热量尽可能快地送进去。多数干燥周期的优化空间，不在提高搁板温度，而在消除接触热阻与改善均温性。
